Di solito una nuova edizione di EndNote viene pubblicata a maggio-giugno di ogni anno per Windows e a luglio per Mac OS X.
Questa breve cronistoria segnala solo le aggiunte, tace sulle correzioni di eventuali malfunzionamenti. L'elenco è un promemoria, non pretende affatto coprire tutte le modifiche apportate

X7 2013

1. Fra le Preferences possibilità di decidere come cambiare il nome ai file PDF introitati
2. Nelle bibliografie prodotte per un dattiloscritto Word è possibile stabilire delle sottointestazioni (subheading)
3. Nella Library Windowi il tasto destro o drag and drop permette di modificare l'oridne dei campi e quali affiggere
4. Fra le correzioni trasversali è anche possibile copiare il record Number
5. Sincronizzazione dei dati fra EndNote desktop e EndNote online in background
6. Nuovi RT: Podcast, Conference Paper e Press Release
7. Ormai gli stili citazionali sono oltre 5.000
8. Fornito un plug-in per aggiungere citazioni e listea diapositive PowerPoint (solo Windows)

X6 2012

1. Sincronizzazione dei dati fra EndNote desktop e EndNote online : la library online è ormai solo una copia di quella locale
2. Aggiunto per ogni record lo status: Read/Unread
3. Aggiunto per tutti gli RT il campo ratings, a stelle, 5 stelle max
4. Si può spedire per e-mail record e allegati, file, figure, anche dal PDF viewer
5. Aggiornata la lista delle riviste mediche con le loro abbeviazioni: oltre 13.000 titoli
6. CWYW consente di editare per presenza/omissione anche nome di author e anno/year nelle note a piè di pagine (footnotes)
7. Scarico di record da PubMed diretto in EndNote senza passi per conversione
8. Trattamento di maiuscole potenziato anche in cerca e sostituisci e quando si edita un record (tOGGLE cASE)
9. Visualizzazione e annotazione dei PDF in una finestra ad hoc

X5 2011

1. La sincronizzazione fra EndNote desktop e EndNote online trasferisce anche i file allegati ai record (attachments)
2. visualizzazione di PDF dentro a En con possibilità di aggiungere proprie note ed evidenziazioni
3. Col comando “Find Reference Updates" si può aggiornare automaticamente un record: En ne cerca la versione online, grazie a dei docidi identificativi come PMID e propone le due versioni affiancate per fare le correzioni, integrazioni ...
4. Si possono copiare i contenuti dei campi in Change & Move Fields
5. Stili: Conditional Formatting per rimpiazzare certi campi mancanti con altri reputati alternativi /es. se manca il DOI metti l'URL)
6. Nel comparare documenti in Duplicate detection fa da sé l'evidenziazione dei campi in cui ci sono differenze
7. Nuovi RT: Music, dataset

X4 2010

1. Importa file PDF, e se questo a DOI En deriva i metadati da db CrossRef e crea un record in archivio, se non ha DOI creerà comunque un record ma vuoto col nome del file PDF e con il titolo. Può importare anche una cartella di PDF
2. La ricerca si puiò condurre anche sul testo dei PDF allegati
3. Pannello di Quick Edit in basso assieme a Search e Preview per consentire rapido accesso in scrittura a un record
4. Si può fare ricerca booleana sui gruppi: confronta i record per evidenziare le sovrapposizioni
5. Si possono esplicitamente usare le wildcards * ad inizio e fine stringa, non dentro *duction*, ma non m*ss
6. Nel confrontare i duplicati si possono correggere i dati dei record
7. Nella formattazione di un datiloscritto è possibile fare sì che le citazioni nel testo sia legate (hyperlink) alla froma estesa nella bibliografia finale
8. Stili: istruzioni per formattare note a pié di pagina, footnotes, immediatamente consecutive e NON immediatamente consecutive
9. Nuovi RT: Dataset, Electronic Book Section
10. Maiuscoletto (Small Caps) accessibile in ogni campo
11. Non c'è più un manuale completo in PDF, solo l'help

X3 2009

1. CWYW compatibile con OOw
2. Nuovo gruppo di servizio "Unfiled" per quelli che non vanno in alcun gruppo
3. Aggiuti i Sets, rami a cui si appendono necessariamente i Gruppi
4. La Compressed library (urtile per backup, invii...) può escludere gli allegati
5. I duplicati vengono di nuovo mostrati uno accanto all'altro per confronto più agevole
6. Filtri, stili, file di connessione con host Z39.50 etc. sono caricati per default in dose ridotta
7. Un documento Word può contenere più sezioni xcon riferimenti bibliografici
8. Un conto di accesso EndNoteWeb è ora incluso