I "gruppi" come modo di marcare i record: è un sistema che prende sempre più piede, complici la cosiddetta intuitività, facilità d'uso, asistematicità di impiego, possibilità di servirsene senza scrivere (per trascinamento).
A lungo desiderati. Infatti di "marcamento" temporaneo si è sempre accusata l'assenza in EndNote, anche rispetto a simili programmi come ProCite, Reference Manager per citare ad esempio i 2 altri commercializzati da Thomson; [dalla v. X6 EndNote aggiunge il marcatore Read/Unread anche configurabile nelle Preferences]
I gruppi vogliono senz'altro rispondere a tale esigenza. Sono in parte strumento equivalente alle parole chiave, ma mentre lì si tratta più o meno di cogliere ogni mela e mettervi un bollino, (solitamente, ma non esclusivamente, scrivendolo in un campo del record aperto) coi gruppi si tratta di prendere delle mele e riporle in un canestro.
Coi gruppi diversamente che con le keywords non si caricano dati nei record, non si scrive e non si deve correggere.
Coi gruppi live/smart, e le combinazioni di gruppi, l'agilità efficiente cresce: incroci, gruppi dinamici, complessità non complicata del meccanismo.
Niente è stato "inventato" da EndNote che ancora manca di quanto molti utenti sono golosi: i gruppi annidati, subordinati.

• Group: un gruppo qui è un sacco che contiene riferimenti ai record, meri puntatori
• Non c'è alcuna duplicazione fisica
• Un record può stare in n Gruppi
• Un Gruppo può essere vuoto
• I Gruppi non possono essere gerarchicamente annidati (come invece in vari altri programmi del genere)
• I Gruppi non possono non essere subordinati ai "Group Set"
• Va prima creato il Set e poi il Gruppo
• I Set non contengono record ma Gruppi che contengono record
• I Gruppi possono passare da un Set ad un altro per trascinamento, drag & drop
• I Gruppi sono di vari tipi, e, tranne i custom e gli smart e i combo (combinazione di gruppi), sono creati e gestiti da programma (controllati da EndNote insomma):
• • permanenti :
  • • All references (tutto l'archivio)
    • Unfiled (quelli non posti in nessun gruppo dell'utente)
    • Trash (candidati all'eliminazione, ma ancora recuperabili)
    • Search results (esito dell'ultima ricerca locale)
    • Retrieved (esito dell'ultima ricerca in remoto)
    • ...
  • custom : creati dall'utente per aggiunta esplicita
  • smart : contenenti e corrispondenti dunque a una ricerca, cfr. sotto
  • combo : combinazione di gruppi, cfr. sotto
  • online search : elenca i siti remoti selezionati (nel connections manager: Mark), aggiungendo dati per collegamento ed interrogazione
  • Cited Word : i record che sono stati richiamati nel documento Word o OOw aperto e con citazioni
  • Imported references: i record importati
  • EndNote Web : record trasferiti fra versione desktop e web di EndNote (fino a quando non è stato imposto il solo meccanismo della sincronizzazione)
  • Find Full text : i record del cui testo intero si è andati alla ricerca: trovati e non trovati
• da un Gruppo si vedono tutti i record che esso contiene/cui esso punta, ma in nessun modo da un record si vede in quali gruppi è contenuto, né scorrendo la lista breve, né aprendolo in scrittura, né vedendolo come esito di una ricerca 
• A seconda del modo di lavoro (integrato, locale, online) certi gruppi sono esclusi
• Creato un Set, si può prima creare il gruppo custom (| Groups | Create Group |[dare il nome] : andrà nel Set dove si è posizionati o in cima) e poi collegarvi i record, per selezione + menu (|Groups | Add References to | selezione del gruppo dalla lista del menu a tendina) o per trascinamento
• oppure selezionare prima i record e poi creare un gruppo Custom: |Groups | Add References to | Create Custom Group
• Per aggiungerli ad uno esistente: selezione dei record | drag & drop verso il gruppo a sinistra oppure: |Groups | Add References to | selezione del gruppo dalla lista del menu a tendina 
• Combo Groups: combinazione (| Groups | Create from Groups) di due o più gruppi intrecciati con operatori booleani dimodoché il gruppo combo risultante contenga i record che derivano da quell'intreccio (AND comuni ad entrambi, OR: tutti, NOT presenti in uno ma non in un altro)
  • Anche i Combo stanno nei Set
  • I combo sono identificabili dall'icona specifica (diagramma di Venn)
• Smart sono ricerche, query che restano dinamicamente aperte dimodoché se vengono aggiunti o modificati record e questi soddisfano la richiesta-ricerca il gruppo Smart li punta.  Il gruppo smart incorpora una ricerca e dunque punta ai record che essa restituisce, cioè trova in archivio, se la ricerca è keywords=Perugia, il gruppo conterrà tutti i record che via via contengono "Perugia" nel campo delle Keywords, la ricerca può essere complessa come lo sono le normali ricerche fatte nel Search Pane 
  • creato il Set, si possono creare direttamente: | Groups | Create Smart Group | [finestra di ricerca] oppure andando nel pannello di ricerca, formulando una richiesta e poi selezionando fra le Options | Convert to Smart Group
  • sono evidenziati da un'icona: lente e lampadina
  • possono venire editati per correggere l'espressione di ricerca | Groups | Edit Group
• Distruzione dei record da un gruppo: come avvisa il messaggio la distruzione non riguarda il record in sé che permane in archivio, ma la sua relazione col gruppo
• Distruzione dei record che sono in più gruppi, se fatta dai gruppi :
  Combo : se distrugge qui li toglie anche da Custom e da Smart
  Custom: se distrugge qui li toglie anche da Combo ma non da All References
  Smart: se distrugge qui li toglie anche da Combo E da All Refs (attenzione) li manda in Trash ( | References | Restore to Library) , mentre se si distrugge lo Smart Group in quanto tale il record resta