Funzioni possibili con la versione classica (desktop standalone v. X4) rispetto a quella web (v. 3)

1. lavorare quando non si è in linea
2. quantità illimitata di record dentro un database contro i 50.000 (sic) di EndNote Web anche Basic
3. salvare strategie di ricerche e rieseguirle
4. creare o modificare stili di citazione
5. creare o modificare filtri di conversione
6. creare o modificare connessioni a sistemi remoti
7. utilizzare liste di termini (nomi, parole-chiave) durante la catalogazione
8. inserire grafici nei record
9. ordinamento dei record più articolato (ad esempio ignorare articoli iniziali, lettere accentate trattate come le altre anche in stampa di bibliografie...)
10. personalizzare la finestra generale, vista, del catalogo
11. gruppi 'live' smart che incorporano una ricerca
12. modifica dei tipi di documenti (RT) aggiungendo, togliendo, rinominando campi, personalizzando gli RT Unused
13. correzioni trasversali (cambia, elimina, aggiungi, sposta, copia su molti record alla volta ...)
14. correzione ortografica (spell checking)
15. copiare record fisicamente
16. personalizzare i criteri di intercettamento dei duplicati
17. stampa di bibliografie con intestazioni staccate in vedetta (subject bibliography)

di contro la versione classica ha (paradossalmente) meno operatori di ricerca