La ricerca su sistemi serventi (server) che abbiano messo in funzione il protocollo Z39.50, o su PubMed, si fa dall’interno di ProCite (che incorpora il motore di ricerca BookWhere della WebClarity già SeaChange Corp.) con interfaccia molto simile a quello di ProCite e che, anzi, vuole ulteriormente facilitare scelta dei campi e degli operatori col meccanismo delle finestrelle. Questa semplificazione in realtà impoverisce le possibilità di ricerca rendendo impossibile un controllo logico delle espressioni con fraseggio (tramite l'uso delle parentesi). Piu' finestre si creano con pulsante "New item" sulla barra di ricerca.

I campi dipendono dall'host, così come le modalita' di ricerca (attributi d'uso, relazione, struttura, troncamento etc.).
I dati che vengono reperiti sono immediatamente scaricati sulla nostra macchina, sono in un file temporaneo che viene eliminato in chiusura di sessione, ma che è visibile (icona della paginetta sotto le finestre di ricerca con Ready accanto) e che puo', dunque essere copiato in questo formato. Il formato di scarico più corrente è lo USMARC ad etichette (labelled). Si usano le normali operazioni di selezione di blocchi sotto Windows (compresi Ctrl-A per selezionare tutto e poi Ctrl-V per copiare)). Per copiare solo alcuni record -non come testo, ma come record- si dovrà agire come dentro ProCite: Edit - Copy, marcare e Copy Marked records, oppure distruggere i non voluti.

Espressioni di ricerca si salvano e conservano come le altre e si rieditano nelle finestrelle dopo averle richiamate.
Connessione ad Internet: assicurarsi che sia attiva. La disconnessione dopo una ricerca o una sessione non è automatica.

 "Tools" -> Internet search -> Cliccare sul bottone "Hosts" nello schermo di ricera -> Compare la lista degli Internet hosts -> Configure host -> Selezionare un host (Esiste anche la possibilità di collegarsi al sito www se si incluso l’indirizzo http nella configurazione del server).
I server possono venire testati: Test host : attendere la risposta sul pannello "server responding properly", o "server failed to respond"; sono elencate le funzioni, caratteristiche, del server Z39.50 -come per i vari altri aspetti del protocollo non tutte implementate in ogni server-, es.: Init, Search, Delete, Present, Scan, NamedResultSets ... etc.
Si possono anche aggiungere ex novo degli hosts: bottone New Host in Configure host.
Configurazione degli hosts per vari parametri, si fa normalmente con documentazione emessa dall'host stesso -servente, via sito www o altro, o presso degli indirizzari, portali (gateway)-, fondamentali l'indirizzo IP e il numero della porta, il nome del database.
Si possono selezionare uno o piu' hosts, marcarli e tenerli come tali. La lista degli host e' ordinabile: click sulla barra, su campi come Name, Location e Type che rimangono sotto il nostro controllo.
La configurazione degli hosts ha a che fare con 2 tipi di file: l'indirizzario di tutti gli host -coi campi qui di seguito descritti- e il filtro di conversione che ciascuna configurazione userà per tradurre i dati da MARC21 UNIMARC SUTRS etc. in dati per Procite.
Entrambi i tipi di file stanno in  \...\Programmi\ProCite5\BkwrAPI (e non in \...\CONFIG). Il file degli indirizzi è BkwrAPI.z39, esso contiene gli estremi degli host così come distribuito (1999?) dal produttore, si modifica ad ogni intervento, aggiunta, eliminazione, modifica e non è dunque 'separabile' per ciascun host/target (come è invece il caso ad es. di EndNote). All'inverso i filtri usati per la conversione sono vari per le varie tipologie MARC etc.: ad es. Usmarc.cfg ma ciascuno di essi può venire richiamato n volte dalle varie configurazioni nel campo Format (cfr. sotto) (come non è il caso per EndNote che incorpora il filtro di conversione in ogni singolo profilo di connessione a una database host). Per modificare un file .cfg occorre agire con BiblioLink
Finora non si è parlato ancora dei singoli database.
I database di un host sono configurabili, sulla base delle informazioni provenienti dalla fonte o reperiti in indirizzari generali. Una volta pervenuti sulla lista degli Hosts: New database, oppure click sul quadratino accanto al nome del server e dei database, aprendo le "properties". Tutti gli attributi di ricerca appartengono al server, sono infatti definiti secondo l'implementazione del protocollo Z39.50 fatta presso l'host che si interroga per i vari database.
Database name: Il nome del database non e' libero, ma il nome del database sul server Z39.50. La description al solito invece è libera.
Record type: lista a menu, normalmente USMARC, ma per biblioteche europee e' bene fare attenzione se le opzioni del server non sono piuttosto UKMARC o UNIMARC, SUTRS (implementata ad es. presso l'OPAC-Z39.50 dell'SBN italiano fino a tutto il 2006), GRS-1 generic record syntax. Se si specifica un "type" che non e’ offerto dall’host si avrà "errore di sintassi di record" come risposta, anche se l’interrogazione trova record.
Format: questo dato decide quale filtro di configurazione, in Biblio-Link di ProCite, sarà usato per convertire i dati a ProCite. Se si specifica un filtro che non riesce a convertire i dati scaricati (per esempio SBN scarica solo in SUTRS e nessuno dei file forniti con ProCite puo’ funzionare), il LOG file -cfr- qui sotto- li mostrerà nel formato previsto, ma non convertirà nulla nel database ProCite.
Quando una connessione ed una ricerca funzionano comunque il target scarica sul cliente i dati, nella maschera di ricerca Internet, sotto le finestre orizzontali dei campi di ricerca, se si clicca sull'iconcina a sinistra mostrante il log file come una pagina di carta e che sta accanto alla barra-finestra in cui indicato lo stato della ricerca, tipo: Requesting records, o Ready (iconcina che sotto Windows XP può anche non venire visualizzata!), si accede al file di testo, LOG, della ricerca, in doppio formato: status messages o dati. I dati sono comunque testo e il copia/incolla di Windows puo' portarli altrove, mentre non risulta che il log venga scritto come file statico su disco.
Search attributes: dell'insieme Bib-1 di Z39.50, sua versione bibliotecaria (laddove CIMI per i musei, GILS per i documenti governativi -pubblicazioni ufficiali dello stato-, GEO per documentazione geospaziale, DL per documenti digitali).
Field name: Non si tratta dei nomi dei campi di ProCite, ma dell'host. Interrogando un solo target alla volta il nome, mai vincolante, non è nemmeno importante: si possono assegnare nomi che risultano più consoni all'uso di ProCite, perché l'importante e' la corrispondenza con l'attributo "Use", il fatto che comunque 1003 sarà un campo autore. Però quando si interrogano più sistemi contemporaneamente i nomi dei campi che ProCite riconosce e presenza nella finestrella "Search for" di scelta nella maschera di ricerca sono proprio i nomi descrittivi (tutti o solo quelli comuni, cfr. "Tools" --> Options --> Internet). Qui dunque anche a parità di attributo Use uguale 1003 'Autori' e 'Authors' saranno due canali distinti (e non è francamente pensabile di andare a rivedere e correggere tutte le configurazioni di hoszt già offerte da ProCite). L'effetto risultante è che selezionare più host puo' portare ad una lunga e disordinata lista di campi se li si includono o tutti e ad un restringimento paradossale (solo l'ISBN forse si scrive sicuramente allo stesso modo!) se si vogliono solo i campi che costituiscono il minimo comune denominatore.
Rel: Relation (relazione) : uso di operatori relazionali (uguale, maggiore ...)
Pos: Position (posizione), first : il termine di ricerca deve essere il primo dato del campo, oppure del sottocampo, o puo' apparire dovunque
Struct: Structure (struttura): frase, parola, anno, nome ....
Trunc: Truncation (troncamento): a destra, sinistra, doppio, assente, ....
Comp: Completeness (completezza) per sottocampo in/completo, campo completo
Tutti questi dati, come già detto, si ricavano dalla documentazione fornita dal server ma il cliente li può ridefinire.

All'interno di ProCite "Tools" --> Options --> Internet search sono possibili altre configurazioni dell'operatività di ricerca Z39.50:

• When performing a new search ad ogni nuova ricerca, che fare con i precedenti risultati: a) mantenerli e dunque sommare b) chiedere se eliminarli c) eliminarli
• When closing the search window alla chiusura della ricerca a) chiedere di salvare il risultato b) eliminarlo comunque
• PubMed prompting before downloading PubMed scaricamento dei dati rintracciati (downloading) : a) chiedere sempre se effettuarlo o no, b) oppure chiederlo solo se oltre la soglia x; c) non chiederlo affatto
• Z39.50 Fields included in search view quali campi includere nelle finestrelle di ricerca : solo quelli comuni a tutti gli host (minimo comune denominatore, oppure la somma di tutti: e siccome ProCite considererà i nomi dei campi e non l'attributo Use, nomi diversi si presenteranno come tali, vedi sopra).